Urodził się 19 lipca 1891 r. w Puszczykowie Nowym koło Poznania. Syn Walentego, cieśli, i Agnieszki z Motylaków.
Ukończył szkołę powszechną w Puszczykowie, następnie Królewskie Gimnazjum im. Augusty Wiktorii w Poznaniu (niem. Königliches Auguste-Victoria-Gymnasium), gdzie w roku 1910 uzyskał maturę. Podczas nauki w gimnazjum, od roku 1903 należał do tajnego Towarzystwa Tomasza Zana, od roku 1907 był jego kierownikiem. Studiował w Arcybiskupich Seminariach Duchownych w Poznaniu i Gnieźnie; 19 grudnia 1914 r. przyjął święcenia kapłańskie z rąk arcybiskupa metropolity poznańskiego i gnieźnieńskiego Edwarda Likowskiego (1836–1915).
Posługę duszpasterską podjął od 1 stycznia 1915 r. jako wikariusz w parafii pw. św. Wawrzyńca w Pniewach, kilka miesięcy później w parafii pw. św. Apostołów Piotra i Pawła w Kostrzynie Wielkopolskim.
Podczas I wojny światowej w październiku 1915 r. został powołany do Armii Cesarstwa Niemieckiego, gdzie został mianowany kapelanem 7 Pułku Grenadierów króla Wilhelma I. W końcu 1918 r. powrócił na teren Wielkopolski. Został wikariuszem w parafii pw. Najświętszej Maryi Panny Wniebowziętej w Kościanie.
Od stycznia 1919 r. uczestniczył w powstaniu wielkopolskim (27 grudnia 1918 –16 lutego 1919). Początkowo pełniał posługi duchowne dla powstańców w Kościanie, gdzie założył plac opatrunkowy w Górce Duchownej. Został kapelanem 1 Pułku Ułanów Wielkopolskich (potem: 15 Pułku Ułanów), następnie proboszczem 14 Dywizji Piechoty. Brał udział w walkach z Ukraińcami w Małopolsce Wschodniej. W lipcu 1919 r. przybył ze swoim Pułkiem na front wojny z Rosją bolszewicką lat 1919–1920 w rejon Bobrujska. uczestniczył w walkach odwrotowych, polskiej kontrofensywie w sierpniu 1920 r. i pościgu za rozbitymi wojskami bolszewickimi W pierwszym wniosku na Krzyż Walecznych dowódca 15 pułku Ułanów Poznańskich, ppłk Władysław Anders napisał:
Jako kapelan 15. pułku Ułanów Poznańskich towarzyszył ksiądz Czesław Wojtyniak we wszystkich akcjach, wypadach i rajdach kawaleryjskich na tyły nieprzyjaciela. Ksiądz Czesław Wojtyniak w akcji na tyły nieprzyjaciela podczas ofensywy na Mińsk Litewski w dniach 7, 8 i 9 sierpnia 1919 r. w czasie boju znajdował się w pierwszej linii nie tylko spełniając swoje duchowe posługi, ale osobistym męstwem służąc wzorem i przykładem własnym.
W drugim wniosku z 27 stycznia 1921 r. o odznaczenie Krzyżem Walecznych, dowódca 14 Dywizji Piechoty, generał podporucznik Daniel Konarzewski, napisał:
Ksiądz proboszcz Wojtyniak spełniając swe kapłańskie obowiązki z narażeniem własnego życia przebywał najczęściej na linii bojowej, krzepiąc moralnie żołnierzy, czym w znacznej mierze przyczyniał się do wielu zwycięstw. Dnia 12 września 1920 r. podczas ofensywy pod Brześciem Lit. silniejsze oddziały bolszewickie przedostały się na nasze tyły, rozdzielając naszą grupę w okolicach na wschód od Motykat. Ks. Wojtyniak znajdując się przy północnej grupie, pragnąc przedostać się do grupy południowej dokąd wzywały go obowiązki, nie zwracając uwagi na wielkie niebezpieczeństwo przedarł się przez nieprzyjacielskie rejony, przywiózł jednocześnie cenne wiadomości, które posłużyły do dalszego rozwoju akcji. Dnia 19-20 września 1920 r. pod Prużanami i Różanami ksiądz Wojtyniak stale przebywał na linii ognia, składając dowody wielkiej odwagi osobistej.
Po podpisaniu Traktatu ryskiego (18 marca 1921) kończącego wojnę, wraz z jednostkami wielkopolskimi wrócił do Poznania.
Uczestniczył w III powstaniu śląskim ((2/3 maja – 5 lipca 1921); sprawował funkcję kapelana w grupie podpułkownika Pawła Chroboka, pseudonim „Kunowski” (1873–1957).
Zweryfikowany jako proboszcz (podpułkownik) z 1 czerwca 1919. Od roku 1922 służył jako proboszcz parafii wojskowej pw. św. Józefa Oblubieńca w Poznaniu, jednocześnie pełnił funkcję zastępcy szefa duszpasterstwa Okręgu Korpusu nr VII w Poznaniu. Od 18 sierpnia 1929 r. był kapelanem i proboszczem Brygady Korpusu Ochrony Pogranicza w Nowogródku, następnie od 3 października 1930 r. dziekanem katolickim Okręgu Korpusu nr IX w Brześciu nad Bugiem. W kwietniu 1934 r. przeniesiony na stanowisko kierownika referatu do Kurii Polowej Wojska Polskiego oraz równocześnie był wiceoficjałem Sądu Duchownego I instancji. Awansowany 19 marca 1937 r. na dziekana (pułkownika), od roku 1938 zajmował stanowisko wicekanclerza Polowej Kurii Biskupiej. Ze względu na chorobę kanclerza dziekana ks. Jana Mauersberga (1877–1942) sprawował jego funkcję.
Podczas kampanii wrześniowej 1939 r. ewakuowany w kierunku wschodnim. Po agresji Związku Sowieckiego na Polskę (17 września) w okolicach Łucka dostał się do niewoli sowieckiej. Początkowo przebywał w obozie w Wołoczyskach w obwodzie chmielnickim, a od 4 listopada w Kozielsku. Ostatecznie od 29 grudnia w obozie w Ostaszkowie.
Wywieziony na podstawie listy nr 02 z 1 kwietnia 1940 r., 5 lub 6 kwietnia został zamordowany w Kalininie-Twerze. Jest zapisany w Księdze Polskiego Cmentarza Wojennego Miednoje.
Był przewidziany przez Biskupa Polowego Wojska Polskiego Józefa Gawlinę na szefa duszpasterstwa Polskich Sił Zbrojnych formowanych w Związku Sowieckim w roku 1941. Generał Władysław Anders dysponował dekretem biskupa Gawliny, mianującym go na to stanowisko.
Odznaczony dwukrotnie Krzyżem Walecznych, Medalem Niepodległości i papieskim orderem Pro Ecclesia et Pontifice, pośmiertnie (5 października 2007) został awansowany na stopień generała brygady.
Jego pamięci poświęcono tablice: na budynku w Puszczykowie; w kościele OO. Dominikanów w Poznaniu; w katedrze polowej Wojska Polskiego w Warszawie; w kościele garnizonowym pw. św. Agnieszki w Krakowie. Jest wymieniony na tablicy poświęconej ofiarom katyńskim w kościele w Kostrzynie; jego nazwisko znajduje się na tablicy upamiętniającej kapelanów poległych i zamordowanych pod okupacją sowiecką w katedrze polowej WP w Warszawie; jest wymieniony na tablicy poświęconej pamięci księży zamordowanych lub zmarłych w łagrach w latach 1918–1958 w kościele pw. św. Stanisława w Petersburgu; na pomniku Państwa Podziemnego w Poznaniu, a także na innych tablicach katyńskich w Polsce i Stanach Zjednoczonych. W maju 2019 r. dla jego pamięci posadzono „Dąb Katyński” na terenie sanktuarium w Kalwarii Pacławskiej - Aleja 33 Dębów Pamięci Kapelanów Katyńskich.
W książce Dzieje 15. pułku Ułanów Poznańskich wydanej w Londynie (1962) autorzy wspominają ks. Wojtyniaka:
[...] Bardzo zżyty z pułkiem, lubiany przez wszystkich i wzorowo opiekujący się ułanami był kapelan Czesław Wojtyniak. Średniego wzrostu, rudawy blondyn, spokojnego usposobienia, taktowny i wyrobiony, był idealnym kapelanem, który starał się zawsze być przy oddziale, nie bojąc się niewygód i nie unikając siodła, gdy było to potrzebne.
W grudniu 2009 r. został zgłoszony przez Rodzinę Katyńską w Warszawie razem z 23 kapelanami Wojska Polskiego, jako kandydat do procesu beatyfikacyjnego Męczenników Wschodu (1917–1989).
„Monitor Polski” 1932, nr 293; CAW, akta personalne I.480.820; M. Ceglarek, Kapelani Wojska Polskiego z okresu wojny polsko-sowieckiej 1919-1921, Warszawa 2021; Czesław Wojtyniak, w: Wielkopolscy księża od XVIII do XX wieku, www.wtg-gniazdo.org/ksieza/main.php?akcja=opis&id=5138 [dostęp 7 VII 2023]; „Dziennik Personalny MSWojsk” 1920, nr 35, 1930, nr 14, 1934, nr 11; R. Dzwonkowski, Leksykon duchowieństwa polskiego represjonowanego w ZSRS 1939-1988, Lublin 2003; Kapelani Wojska Polskiego pomordowani na Wschodzie 1940-1941, Mińsk Mazowiecki – Warszawa 2013; Kapelani Wrześniowi. Służba duszpasterska w Wojsku Polskim w 1939 r. Dokumenty, relacje, opracowania, Warszawa 2001; J. K[iński], w: „Wojskowy Przegląd Historyczny” 1993, nr 4; T. Madała, Polscy księża katoliccy w więzieniach i łagrach sowieckich od 1918 r., Lublin 1996; Miednoje. Księga Cmentarna Polskiego Cmentarza Wojennego t. 2, Warszawa 2006; Rocznik oficerski 1923, 1924, 1928, 1932; R. Rybka, K. Stepan, Rocznik oficerski 1939, Kraków 2006; Schematyzm Kościoła Rzymsko-Katolickiego w Rzeczypospolitej Polskiej z Mapą Diecezji i dodatkiem Spisu Polskich Parafij i Polskiego Duchowieństwa w Stanach Zjednoczonych Ameryki Północnej. Stan z 1 stycznia 1925 r., Kraków 1925; B. Szwedo, Kapelani wojskowi na drogach ku niepodległości. Sto biogramów na stulecie Biskupstwa Polowego w Polsce, Warszawa 2019; B. Szwedo, Wierni do końca. Kapelani wojskowi ofiary zbrodni katyńskiej, Warszawa 2020; Wojtyniak Czesław, www.swzygmunt.knc.pl/MARTYROLOGIUM/POLISHRELIGIOUS/vPOLISH/HTMs/POLISHRELIGIOUSmartyr3038.htm [dostęp 7 VII 2023]; Wykaz duchowieństwa wojskowego, oraz kościołów i kaplic garnizonowych wyznania katolickiego w Rzeczypospolitej Polskiej za 1924-ty rok, Warszawa [1924]; Wykaz duchowieństwa wojskowego oraz kościołów i kaplic wojskowych wyznania katolickiego w Rzeczypospolitej Polskiej za 1928 r., Warszawa 1928; Wykaz duchowieństwa wojskowego oraz parafij, kościołów i kaplic wojskowych wyznania katolickiego w Rzeczypospolitej Polskiej na 1929 r., Warszawa 1929; Wykaz duchowieństwa wojskowego oraz parafij, kościołów i kaplic wojskowych wyznania katolickiego w Rzeczypospolitej Polskiej na 1930 r., Warszawa 1930. https://pcbj.pl/wp-content/uploads/Czes%C5%82aw-Wojtyniak-kapelan-15-Pu… [dostęp 7 VII 2023].