Urodził się 28 marca 1885 r. we Lwowie. Syn Władysława, urzędnika, i Pauliny z Hickiewiczów.
Ukończył IV Gimnazjum Miejskie im. Jana Długosza we Lwowie (1903 r.) i Wydziale Filozoficzny (nauki przyrodnicze) Uniwersytetu Lwowskiego (1908 r.), uzyskując doktorat. Następnie przez pięć semestrów studiował tam medycynę.
Od 1909 r. był nauczycielem historii naturalnej w I Gimnazjum w Stanisławowie, potem w VII Gimnazjum Męskim im. Tadeusza Kościuszki i VIII Gimnazjum Męskim im. Króla Kazimierza Wielkiego we Lwowie, a w latach 1912–1913 asystentem zakładu histologii Uniwersytetu Lwowskiego. Studia w zakresie biologii morza uzupełniał w stacjach zoologicznych w Trieście, Neapolu, Ville Franche i Monaco.
Od 1905 r. uprawiał taternictwo, był członkiem Koła Taterników we Lwowie. Dokonał kilku pierwszych wejść m.in. w 1905 r. na Czerwoną Turnię (2290 m) i w 1908 r. na Kołowy Szczyt (2418 m). Podróżnik, w latach 1907–1911 uczestnik wypraw m.in. w Alpy i do Afryki Wschodniej. 13 marca 1910 r. jako pierwszy Polak (a szósty człowiek na świecie) samotnie wszedł na krater Kilimandzaro, osiągając wysokość ok. 5860 m.
Od 1906 r. należał do Organizacji Bojowej PPS, a później Związku Walki Czynnej (od 1909 r.) i Związku Strzeleckiego (od 1912 r.).
W czasie I wojny światowej od sierpnia 1914 r. w Legionach Polskich. Skierowany do służby agitacyjno-werbunkowej, został zastępcą komisarza w Komisariacie Wojskowym NKN w Olkuszu. Od 6 listopada był instruktorem w szkole podchorążych LP w Krakowie, Jabłonkowie, Marmaros-Sziget i Kamieńsku. Na III kursie szkoły (21 maja–22 lipca 1915) wykładał kartografię i terenoznawstwo. 11 listopada 1914 r. mianowany chor. piech., 5 grudnia 1914 r. awansował na ppor. piech. Po utworzeniu 6 pp LP w końcu lipca 1915 r. został jego adiutantem i z pułkiem 12 września wyruszył na front. 11 listopada awansował na por. piech. W czasie walk na Wołyniu ranny 6 lipca 1916 r. pod Konińskiem. W okresie kryzysu przysięgowego 18 sierpnia 1917 r. zwolniony z Legionów.
W 1917 r. habilitował się na Uniwersytecie Lwowskim – został docentem zoologii i anatomii porównawczej.
W tym tez roku podjął służbę w POW we Lwowie. W maju 1918 r. był współzałożycielem tamtejszej „Bratniej Pomocy Byłych Legionistów Polskich”.
Od 1 listopada 1918 r. jako II szef sztabu Obrony Lwowa uczestniczył w walkach z Ukraińcami w obronie tego miasta.
Wziął udział w walkach lwowskich od 1 listopada 1918 r. organizując początkowo Żółkiewskie, później jako operacyjny oficer sztabu. Kiedy w dniu 3 listopada Ukraińcy przełamali własne linie i wdarli się aż pod lokal byłej Komendy Miasta, poprowadził kontratak, zebrawszy ordynansów i rozbitków i po gwałtownej walce ogniowej i na bagnety wyparł nieprzyjaciela ze zdobytej części miasta. W czasie największych walk odcinkowych zjawiał się zawsze na najbardziej zagrożonych miejscach i osobistą brawurą i odwagą, przy wybitnych zdolnościach operacyjnych odnosił sukcesy i przyczynił się wydatnie do zwycięstwa. Stanął na ochotnika do walki w dniu 21 listopada w grupie południowej i jako zastępca komendanta prowadził atak znakomicie, zdobywając całą południową część miasta od Persenkówki aż po Dworzec Łyczakowski włącznie. Kiedy załamał się chwilowo własny atak, Jakubski w pierwszym szeregu porwał żołnierzy do dalszego ataku i przepędził wroga z dobrze umocnionych stanowisk. W akcji tej zdobyto 10 dział, kilka armatek piechoty i powyżej 20 karabinów maszynowych.
24 listopada awansowany na kpt. piech. Następnie był szefem sztabu grup: płk. Mieczysława Kulińskiego (od 3 stycznia 1919 r.), gen. Bronisława Babiańskiego (od 7 maja), gen. Gustawa Zygadłowicza (od lipca). 15 października 1919 r. został referentem operacyjnym DOGen Lwów. W marcu 1920 r. ukończył kurs francuskiego Sztabu Generalnego i od 30 maja sprawował funkcję szefa sztabu DOGen Poznań. Od 26 lipca szef sztabu 2 Dywizji Litewsko-Białoruskiej. W czasie bitwy warszawskiej od 12 sierpnia 1920 r. p.o. kwatermistrza 5 Armii, a od 30 sierpnia 3 Armii. W marcu 1921 r. ukończył kurs Szkoły Sztabu Generalnego w Warszawie. Po zakończeniu działań wojennych 25 października 1921 r. przeniesiony do rezerwy. Zweryfikowany jako ppłk rez. piech. z 1 czerwca 1919.
Od 15 grudnia 1919 r. był profesorem nadzwyczajnym anatomii porównawczej i biologii Uniwersytetu Poznańskiego, a 21 listopada 1921 r. został tam prof. zwyczajnym. W latach 1922–1924 kierował zorganizowanym przez siebie morskim laboratorium rybackim w Helu. Na Uniwersytecie Poznańskim jako kierownik zakładu anatomii porównawczej i biologii oraz (od 1937 r.) kierownik zakładu zoologicznego pracował aż do 1939 r. W latach 1928–1930 dziekan Wydziału Matematyczno-Przyrodniczego.
Należał do Komisji Fizjograficznej oraz Komisji Historii Medycyny i Nauk Matematyczno-Przyrodniczych PAU, Société Linnéenne de Lyon, Towarzystwa Przyjaciół Nauk w Poznaniu (członek zarządu i prezes Komisji Matematyczno-Przyrodniczej), Towarzystwa Naukowego we Lwowie, Państwowej Rady Naukowej przy Ministerstwie Wyznań Religijnych i Oświecenia Publicznego, Rady Naukowej Polskiego Słownika Biograficznego, Polskiego Towarzystwa Geograficznego, Polskiego Towarzystwa Botanicznego, Polskiego Związku Entomologicznego, Polskiego Towarzystwa Tatrzańskiego, Polskiego Towarzystwa Przyrodników im. Mikołaja Kopernika (złonek Zarządu Głównego), Association des Anatomistes i amerykańskiego Genetic Association. W latach 1935–1939 pierwszy prezes Polskiego Towarzystwa Zoologicznego. Uczestnik licznych zjazdów naukowych w kraju i za granicą. Jest uważany za jednego z najwybitniejszych polskich biologów.
Działacz Związku Strzeleckiego. Był organizatorem i prezesem okręgu w Poznaniu (1925–1930), w latach 1927–1928 wiceprezesem Zarządu Głównego.
Podczas II wojny światowej na początku września 1939 r. jako dowódca grupy b. powstańców wielkopolskich uczestniczył w obronie Poznania. 4 września ewakuowany w kierunku wschodnim, dotarł do Lwowa. Tam został oficerem ds. pomocniczych w Grupie Obrony Lwowa gen. Franciszka Sikorskiego. Po kapitulacji załogi Lwowa (22 września) podjął działalność konspiracyjną. 25 września został szefem sztabu Polskiej Organizacji Walki o Wolność. Zagrożony aresztowaniem przez Sowietów w końcu października opuścił miasto i na przełomie miesiąca przeszedł rz. San. Podczas próby przejścia na Węgry 8 listopada aresztowany przez słowacką straż graniczną, został przekazany Niemcom. Więziony w Komańczy, Sanoku, Tarnowie i przy ul. Montelupich w Krakowie. 30 sierpnia 1940 r. osadzony w obozie koncentracyjnym w Auschwitz (nr więźnia 3385). 4 grudnia 1944 r. przewieziony do obozu koncentracyjnego w Mauthausen (nr więźnia 112 138)..
Po wyzwoleniu przez wojska amerykańskie (5 maja 1945) w czerwcu wstąpił do 2 DPanc we Włoszech. Był szefem oświaty i organizatorem szkolnictwa polskiego na wszystkich poziomach.
Po demobilizacji osiedlił się w Londynie. Pracował jako laborant w muzeum zakładu zoologicznego Birkbeck College Uniwersytetu Londyńskiego, a potem jako preparator w dziale entomologicznym w British Museum. Czynny piłsudczykowski działacz polityczny. Z ramienia Ligi Niepodległości Polski w okresie 28 listopada 1951–30 listopada 1953 r. był członkiem IV Rady Narodowej RP. Działał w Instytucie Józefa Piłsudskiego i Związku b. Więźniów Niemieckich Obozów Koncentracyjnych. Czlonek-założyciel i prezes Polskiego Towarzystwa Naukowego na Obczyźnie, współzałożyciel Koła Lwowian. W 1958 r. przeszedł na emeryturę i przeniósł się z Londynu do Penley.
Zmarł 20 maja 1962 r. w polskim szpitalu w Penley. Pochowany na Cmentarzu Kensal Green w Londynie.
Odznaczony orderem Virtuti Militari 5 kl., orderem Polonia Restituta 3 kl., Krzyżem Niepodległości, czterokrotnie Krzyżem Walecznych, złotym Krzyżem Zasługi i jugosłowiańskim orderem św. Sawy 3 kl. i włoskim orderem Korony Włoch 3 kl.
Opublikował: Walki listopadowe we Lwowie w świetle krytyk, w: Obrona Lwowa1-22 listopada 1918 t. 1, Lwów 1933.
Żonaty (od 8 VIII 1913) z Wandą Białkowską, miał syna Romana (1917–2000), lekarza, i córkę Wandę (ur. 1921) zamężną Frandofert.
G. Brzęk, w: Polski Słownik Biograficzny t. X z 1962–1964; W.K. Cygan, Oficerowie Legionów Polskich 1914–1917. Słownik biograficzny t. 2, Warszawa 2006; „Dziennik Polski, Dziennik Żołnierza” nr 123, 124/1962; K. Grodziska, Polskie groby na cmentarzach Londynu, Kraków 1995; Księga pamiątkowa 1830–29.XI–1930, Ostrów Mazowiecka 1930; A. Lenkiewicz, Kawalerowie Polski Niepodległej cz. 2, bmdw; Lista starszeństwa oficerów Legionów Polskich, Warszawa 1917; S. Łoza, Czy wiesz kto to jest?, Warszawa 1938; „Monitor Polski” nr 132/1931; Obrona Lwowa 1-22 listopada 1918 t. 1-3, Lwów 1933–1939; Rocznik oficerski 1923, 1924, Rocznik oficerski rezerw 1934; Rok bojów na Polesiu 1915–1916, Warszawa 1917; VII Lista strat Legionów Polskich, Piotrków 1916; VI Lista strat Legionów Polskich, Piotrków 1916; B. Szwedo, Na bieżni i w okopach. Sportowcy odznaczeni Orderem Wojennym Virtuti Militari 1914–1921 1939–1945, Rzeszów 2011.