Urodził się 16 czerwca 1860 r. w Bystrej koło Jordanowa. Syn Jana Bednarza i Katarzyny z Radoniów.
Uczył się w szkole ludowej w Jordanowie, a następnie (w latach 1873-1880) w gimnazjum św. Anny w Krakowie. Ukończył studia medyczne na Uniwersytecie Jagiellońskim, uzyskując dyplom lekarski (1886 r). Następnie uczęszczał na zajęcia z psychiatrii i w 1891 r. zdał egzamin „fizykacki”, umożliwiający karierę w pionie medyczno-sanitarnym administracji państwowej. W 1891 r. wyjechał do Pragi, gdzie na tamtejszych uniwersytetach, czeskim i niemieckim, pogłębiał swoje wiadomości i umiejętności z dziedziny bakteriologii, pediatrii oraz ginekologii i położnictwa.
Od 1886 r. był lekarzem miejskim w Jordanowie. Wkrótce potem przeniósł się do Krakowa, gdzie podjął pracę w Szpitalu św. Łazarza. Początkowo był praktykantem, a następnie sekundariuszem. W końcu 1889 r. wyjechał do Turcji, gdzie do 1891 r. sprawował opiekę medyczną nad robotnikami budującymi kolej anatolijską. Po powrocie do kraju został asystentem sanitarnym w starostwie lwowskim, a następnie w starostwie w Nadwórnej. Po trzech latach został lekarzem powiatowym w Nadwórnej, żaś od 1897 r. pracował jako lekarz powiatowy w Nowym Targu. W 1910 r. awansował na starszego lekarza powiatowego.
W latach 1898-1914 poseł do Sejmu Krajowego, z czasem członek Klubu Stronnictwa Demokratyczno-Narodowego. Od 1905 r. członek Ligi Narodowej.
Był dyrektorem Kasy Pożyczkowo-Oszczędnościowej, członkiem nowotarskiej Rady Powiatowej, Rady Szkolnej Okręgowej i rady nadzorczej Kółka Rolniczego w Nowym Targu.
Działacz społeczny, był zaangażowany w spór o Morskie Oko, w 1909 r. dwukrotnie składał interpelacje w obronie ludności polskiej prześladowanej przez władze węgierskie na Orawie. Inicjator budowy Gimnazjum im. S. Goszczyńskiego w Nowym Targu, a także bury i szpitala w tym mieście.
W 1913 r. założył „Gazetę Podhalańską”, której był pierwszym wydawcą. W tym też roku członek Wydz. Drużyn Podhalańskich oraz Zarządu Zw. Polowych Drużyn Sokolich. W 1914 r. prezes Głównego Komitetu Dla Spraw Ludności Polskiej na Orawie i Spiszu.
Podczas I wojny światowej zaangażował się w działalność nowotarskiej delegatury Książęco-Biskupiego Komitetu Pomocy dla Dotkniętych Wojną.
2 listopada 1918 r. został przewodniczącym Powiatowej Organizacji Narodowej w Nowym Targu, a 6 listopada komisarzem Polskiej Komisji Likwidacyjnej na powiat nowotarski oraz Spisz i Orawę. Wspierał wkroczenie oddziałów WP na teren Orawy i Spiszu (6 i 8 listopada). Potem działacz komitetu plebiscytowego na Spiszu i Orawie.
Od 27 sierpnia 1920 do 27 maja 1925 r. był jedynym starostą spisko-orawskim. Następnie przeszedł na emeryturę.
Zmarł 7 kwietnia 1926 r. w Nowym Targu i tam został pochowany na Cmentarzu Parafialnym.
Odznaczony orderem Polonia Restituta 4 kl., pośmiertnie otrzymał Krzyż Niepodległości.
Posiadał honorowe obywatelstwo Nowego Targu, jest patronem Tow. Bursy Gimnazjalnej w Nowym Targu, tablica poświęcona jego pamięci znajduje się na budynku przy ul. Nadwodnej 5 w Nowym Targu.
W. Bałda, Spisko-orawska pamiątka na Wawelu, „Na Spiszu” nr 1/2011; E. Kowalczyk, Jan Bednarski, „Orawa” nr 6-8/1990; R. Kowalski, J.M. Roszkowski, Doktor Jan Bednarski – lekarz, społecznik i budziciel polskości 1860-1926, www.tbg.nowytarg.pl; „Monitor Polski” nr 27/1934; W. Niemczynowski, Polowe Drużyny Sokole, „Żołnierz Legionów i POW” nr 3-4/1939.