Urodził się 22 listopada 1892 r. w Serocku. Syn Karola i Apolonii z Ossolińskich.
Ukończył studia medyczne na uniwersytecie w Kazaniu, uzyskując w 1914 r. stopien lekarza.
W czasie I wojny światowej zmobilizowany do armii rosyjskiej, uczestniczył w działaniach na froncie rumuńskim. Służył w lazarecie zakaźnym.
W końcu 1917 r. wstąpił do II Korpusu Polskiego. Był lekarzem naczelnym 4 BArt. Brał udział w bitwie z Niemcami pod Kaniowem (11 maja 1918 r.). Po kapitulacji korpusu (12 maja) dostał się do niewoli, w której przebywał do listopada.
Uwolniony, zamieszkał w Warszawie. Pracował jako asystent prof. Edwarda Orłowskiego na oddziale chorób wewnętrznych Szpitala Przemienienia Pańskiego. Równocześnie kontynuował naukę na Uniwersytecie Warszawskim, gdzie w 1919 r. otrzymał dyplom doktora medycyny. Jako stypendysta wyjechał do Paryża, gdzie przez sześć miesięcy studiował hematologię i bakteriologię.
Po powrocie do kraju zmobilizowany do WP. Był komendantem szpitala zakaźnego. W 1922 r. przeniesiony do rezerwy. Zweryfikowany jako kpt. rez. lek. z 1 czerwca 1919 r.
Ponownie pracował w Szpitalu Przemienienia Pańskiego i równolegle w zakładzie anatomii patologicznej Uniwersytetu Warszawskiego. W 1924 r. objął stanowisko st. asystenta w I Klinice Chorób Wewnętrznych Uniwersytetu Warszawskiego. W 1934 r. został dyrektorem Szpitala św. Stanisława w Warszawie.
W 1939 r. zmobilizowany do WP, służył w szpitalu wojskowym w Zamościu. Podczas kampanii wrześniowej dostał się do niemieckiej niewoli. Po miesiącu zwolniony, powrócił do Warszawy. Pracował jako dyrektor szpitala zakaźnego przy ul. Chocimskiej 5. W czasie powstania warszawskiego jako ppłk lek. był lekarzem naczelnym V Obwodu AK Mokotów ps. „Bakcyl”.
Po wojnie powrócił na stanowisko dyrektora szpitala zakaźnego. Równocześnie prowadził kursy z zakresu epidemiologii. W 1949 r. został docentem chorób wewnętrznych na Uniwersytecie Warszawskim. W 1950 r. powołany na stanowisko prof. chorób zakaźnych Akademii Medycznej w Warszawie i ordynatora Miejskiego Szpitala Zakaźnego.
Prezes Tow. Lekarskiego Warszawskiego (od 1946 r.), członek korespondent Tow. Naukowego Warszawskiego (od 1951 r.). Autor licznych prac naukowych m.in. dotyczących duru plamistego.
Zmarł 3 listopada 1952 r. w Warszawie.
Odznaczony Krzyżem Niepodległości, Krzyżem Walecznych, w PRL otrzymał złoty Krzyż Zasługi.
L.M. Bartelski, Mokotów 1944, Warszawa 1972; W. Melanowski, Wspomnienia pośmiertne: Klemens Gerner (1892-1952), „Rocznik Towarzystwa Naukowego Warszawskiego” nr 45/1952; „Monitor Polski” nr 6/1934; Rocznik oficerski 1923, 1924; Rocznik oficerski rezerw 1934.