Urodził się 16 sierpnia 1887 r. w Żurawicach pow. Włocławek. Syn Zygmunta, kupca, i Heleny z Ostoja-Lniskich.
Ukończył progimnazjum w Trzemesznie, następnie gimnazjum w Inowrocławiu i Gnieźnie, gdzie w roku 1909 uzyskał maturę. Podczas nauki w gimnazjum należał do tajnego Towarzystwa Tomasza Zana (w latach 1907–1908 prezes koła). Od roku 1909 kształcił się w Arcybiskupim Seminarium Duchownym w Gnieźnie, następnie od roku 1911 w Poznaniu. 15 lutego 1913 r. w Gnieźnie przyjął święcenia kapłańskie. Posługę duszpasterską rozpoczął jako wikariusz w parafii pw. św. Wawrzyńca w Kamieńcu, następnie od roku 1914 w parafii pw. Świętych Piotra i Pawła w Kruszwicy, zaś od 1917 r. pw. Świętej Trójcy w Gnieźnie, gdzie prowadził chór kościelny i działał w komitecie organizującym pomoc biednym dzieciom.
Był kapelanem Polskiej Organizacji Wojskowej Zaboru Pruskiego w Gnieźnie. 20 listopada 1918 r. został wybrany do gnieźnieńskiej Rady Ludowej – uważany był za najwybitniejszego i najbardziej radykalnego działacza Rady. Zwolennik wystąpień zbrojnych oraz polonizacji szkół i urzędów w mieście i na terenie powiatu. Współorganizator powstania wielkopolskiego (27 grudnia 1918 – 16 lutego 1919) w Gnieźnie. Jako kapelan uczestniczył w walkach pod Zdziechową i Mącznikami (30–31 grudnia 1918). W trakcie pertraktacji z Niemcami w sprawie ich wycofania się z Gniezna 29 grudnia został podstępnie wzięty do niewoli. Skazany na karę śmierci przez sąd polowy w Bydgoszczy, ostatecznie w styczniu 1919 r. został wymieniony za grupę oficerów, wziętych do niewoli przez powstańców. Był kapelanem garnizonu gnieźnieńskiego oraz 3 Pułku Ułanów Wielkopolskich (potem: 17 Pułk Ułanów). W lutym jako dowódca oddziału dostał się pod Szubinem do niewoli, z której rychło zbiegł i powrócił do pułku.
Podczas wojny z Rosją bolszewicką lat 1919–1920 pełnił funkcję proboszcza 15 Dywizji Piechoty i jednocześnie kapelan 61 Pułku Piechoty. We wniosku na order Virtuti Militari napisano:
15 sierpnia 1920 r. dostaje się I batalion 67 pp w krytyczne położenie i zostaje całymi masami zaatakowany. Oddziały zaskoczone niespodziewanie zaczęły się w popłochu cofać. Ks. Zabłocki przeczuwając jakie niebezpieczeństwo czeka oddziały w czasie dalszego cofania się, wybiega 50 metrów przed linię wołając całym głosem na żołnierzy i słowami zachęty dodaje ducha. Sam wyznacza linię obrony i ich zatrzymuje. Żołnierze zawstydzeni i zarazem zbudowani odwagą ks. Zabłockiego stają na linii przez niego wyznaczonej i bronią pozycji prawie do ostatniego naboju, odrzucając ciągłe ataki nieprzyjacielskie.
W komunikacie Sztaby Generalnego z 23 sierpnia 1920 r. napisano że ks. Zabłocki w bitwie pod Łomżą szedł w pierwszym szeregu ataku dając przykład męstwa.
Po podpisaniu Traktatu ryskiego (18 marca 1921) kończącego wojnę został przeniesiony do rezerwy. Zweryfikowany jako starszy kapelan (major) rezerwy ze starszeństwem z 1 czerwca 1919 r.
W październiku 1921 r. został proboszczem parafii pw. św. Wawrzyńca w Gnieźnie, następnie w roku 1923 parafii farnej pw. Świętej Trójcy oraz tamtejszym dziekanem. Wybudował Dom Katolicki i odnowił kościół. Wydawał „Wiadomości Parafialne Parafii Farnej”. Był sędzią prosynodalnym Metropolitarnego Sądu Duchownego w Gnieźnie.
Prócz posługi duszpasterskiej angażował się w sprawy społeczne. Przez kilkanaście lat był radnym miejskim wybieranym z listy Narodowej Demokracji. Współorganizował PCK w Gnieźnie. W roku 1924 został prezesem Polskiej Ligi Przeciwalkoholowej w powiecie gnieźnieńskim, a w 1928 r. prezesem zarządu powiatowego Towarzystwa Czytelni Ludowych oraz członkiem Zarządu Głównego. Od roku 1931 prezes gnieźnieńskiego oddziału Opieki Polskiej nad Rodakami na Obczyźnie. Był inspektorem powiatowym nauki religii w szkołach powszechnych powiatu gnieźnieńskiego. Został wybrany do Zarządu Związku Towarzystw Powstańców i Wojaków Ziem Zachodnich RP, był patronem gnieźnieńskiego Okręgu Stowarzyszeń Młodzieży Polskiej Żeńskiej, opiekował się parafialnym Stowarzyszeniem Młodzieży Polskiej Męskiej, był kapelanem Okręgu Gnieźnieńskiego Związku Towarzystw Gimnastycznych „Sokół”.
W obliczu zbliżającej się wojny z Niemcami, w roku 1939 wszedł w skład kierownictwa rejonowego Tajnej Organizacji Wojskowej utworzonej przez Oddział II Sztabu Głównego Wojska Polskiego do działań na tyłach wroga.
Podczas kampanii wrześniowej 1939 r., po opuszczeniu Gniezna przez polskie władze, od 5 września współorganizował administrację zastępczą i Straż Obywatelską. 10 września mianowany tymczasowym prezydentem miasta. Nie chcąc dopuścić do walk i zniszczenia Gniezna, doprowadził do pokojowego przejęcia miasta przez oddziały niemieckie (11 września). Podczas przechodzenia przez linię frontu pod Żydowem został ciężko ranny w prawą rękę (10 września). Leczył się w szpitalu w Gnieźnie. Aresztowany przez gestapo w nocy 12/13 października, osadzony w więzieniu w Inowrocławiu. Skazany wraz z trzynastoma uczestnikami gnieźnieńskiej samoobrony przez niemiecki sąd specjalny na karę śmierci za podburzanie do dywersji.
Rozstrzelany 14 października 1939 na dziedzińcu więziennym. Po wojnie jego szczątki zostały ekshumowane i złożone na Cmentarzu św. Piotra w Gnieźnie.
Odznaczony orderem Virtuti Militari 5 kl., Krzyżem Niepodległości, Krzyżem Walecznych i złotym Krzyżem Zasługi.
Jest patronem ulicy w Gnieźnie i tamtejszej Szkoły Podstawowej nr 2, gdzie umieszczono też poświęconą księdzu tablica. Tablice z jego imieniem znajdują się też: w gnieźnieńskiej farze; na tablicy poświęconej kapłanom, ofiarom II wojny światowej w katedrze w Gnieźnie; w katedrze polowej WP w Warszawie, na tablicy w murze więziennym w Inowrocławiu; na budynku przy ul. Farnej 5 w Gnieźnie; na budynku plebanii farnej; na Domu Katolickim w Gnieźnie.
„Monitor Polski”, 1932, nr 245; CAW, akta Virtuti Militari; M. Ceglarek, Kapelani Wojska Polskiego z okresu wojny polsko-sowieckiej 1919–1921, Warszawa 2021; Duszpasterstwo wojskowe w okresie posługi abp. Stanisława Galla biskupa polowego Wojsk Polskich. Wybór dokumentów źródłowych 1918–1933, Warszawa 2018; „Dziennik Personalny MSWojsk” 1920, nr 35; Kapelani Wrześniowi. Służba duszpasterska w Wojsku Polskim w 1939 r. Dokumenty, relacje, opracowania, Warszawa 2001; Mateusz Jerzy Zabłocki, w: Wielkopolscy księża od XVIII do XX wieku, www.wtg-gniazdo.org/ksieza/main.php?akcja=opis&id=5227 [dostęp 8 VII 2023]; B. Polak, w: Słownik biograficzny powstańców wielkopolskich 1918-1919, Poznań 2002; Rocznik oficerski 1923, 1924; Rocznik oficerski rezerw 1934; Schematyzm Kościoła Rzymsko-Katolickiego w Rzeczypospolitej Polskiej z Mapą Diecezji i dodatkiem Spisu Polskich Parafij i Polskiego Duchowieństwa w Stanach Zjednoczonych Ameryki Północnej. Stan z 1 stycznia 1925 r., Kraków 1925; B. Szwedo, Kapelani wojskowi na drogach ku niepodległości. Sto biogramów na stulecie Biskupstwa Polowego w Polsce, Warszawa 2019; B. Szwedo, Zawsze w pierwszej linii, Warszawa 2004; Wykaz duchowieństwa wojskowego, oraz kościołów i kaplic garnizonowych wyznania katolickiego w Rzeczypospolitej Polskiej za 1924-ty rok, Warszawa [1924]; Wykaz duchowieństwa wojskowego oraz kościołów i kaplic wojskowych wyznania katolickiego w Rzeczypospolitej Polskiej za 1928 r., Warszawa 1928; Wykaz duchowieństwa wojskowego oraz parafij, kościołów i kaplic wojskowych wyznania katolickiego w Rzeczypospolitej Polskiej na 1929 r., Warszawa 1929; Zabłocki Mateusz Jerzy, www.swzygmunt.knc.pl/MARTYROLOGIUM/POLISHRELIGIOUS/vPOLISH/HTMs/POLISHRELIGIOUSmartyr3084.htm [dostęp 8 VII 2023].