Urodził się 21 czerwca 1889 r. w Warszawie. Syn Piotra, oficera gwardii carskiej i Antoniny ze Zbyszewskich (Zbykowskich?). Rodzina wywodziła się z ubogich ziemian kresowych, herbu Awdaniec.
W roku 1909 ukończył Korpus Kadetów w Kijowie, następnie przez 2 lata uczył się w Pawłowskiej Szkole Wojennej w Petersburgu. Po jej ukończeniu w roku 1911 rozpoczął służbę w Wołyńskim Pułku Gwardii w stopniu podporucznika.
Po wybuchu I wojny światowej (28 lipca 1914) wraz z pułkiem walczył na terenie Prus Wschodnich. W grudniu 1914 r. został ciężko ranny pod Łodzią. Po rekonwalescencji, od października 1915 r. został dowódcą kompanii w zapasowym batalionie 3. Dywizji Gwardii. W sierpniu 1916 r. na własną prośbę został przeniesiony do lotnictwa. Przeszkolenie przeszedł w Wojennej Szkole Pilotów w Gatczynie, po czym w grudniu 1916 r. został wysłany do Anglii na kurs pilotów instruktorów. W sierpniu 1917 r. powrócił do Rosji i od września służył w formacjach lotniczych armii carskiej. W styczniu 1918 r. wstąpił ochotniczo do 1. Korpusu Polskiego gen. Józefa Dowbor-Muśnickiego. W walkach z bolszewikami w Mińsku, jego oddział zdobył 16 samolotów, co umożliwiło mu sformowanie eskadry lotniczej. Został komendantem Awiacji I Korpusu Polskiego. W maju 1918 r. (w twierdzy w Bobrujsku) I Korpus Polski został zmuszony przez dowództwo niemieckie do złożenia broni.
Po rozformowaniu Korpusu mjr Abakanowicz rozkazał spalić samoloty, aby nie zostały przejęte przez wojska niemieckie. Wyruszył do Murmańska by przedostać się do Armii gen. Józefa Hallera we Francji. W czerwcu 1918 r. został aresztowany przez bolszewików i osadzony w więzieniu. Zwolniony pod warunkiem wstąpienia do lotnictwa bolszewickiego. Propozycję przyjął; służył w eskadrze zgrupowania Aleksieja Szyrinkina. Równocześnie do Polski przesłał tajny raport o swojej sytuacji. Po skierowaniu jego eskadry na front polski, 1 maja 1920 r. z eskadrą bolszewicką wystartował z lotniska w Berezynie, na dwupłatowym myśliwcu konstrukcji francuskiej Nieuport 24bis, do lotu propagandowego (zrzucanie ulotek). Odłączył się od grupy i wylądował na polskim lotnisku wojskowym w Żodzinie koło Borysowa.
Odrzucono jego zgłoszenie do służby w Wojsku Polskim, a sprawę służby w bolszewickim lotnictwie skierowano do Oficerskiego Trybunału Orzekającego. Dzięki zeznaniom kilkudziesięciu generałów i wyższych oficerów WP, 19 maja 1921 r. został przez oczyszczony z zarzutu zdrady.
W czerwcu 1921 r. rozpoczął służbę w polskim lotnictwie. Początkowo był szefem pilotażu w Wyższej Szkole Lotniczej w Poznaniu, następnie został komendantem Wyższej Szkoły Lotniczej w Grudziądzu. Następnie dowodził II dywizjonem wywiadowczym w 2 Pułku Lotniczym w Krakowie, od 1 czerwca 1923 r. dowodził dywizjonem w 3 Pułku Lotniczym w Poznaniu. Od 11 sierpnia do 6 listopada pełnił obowiązki dowódcy 3. Pułku Lotniczego, później został mianowany dowódcą batalionu rekruckiego, a od 14 marca 1924 r. dowodził batalionem lotniczym. 5 listopada 1924 r. został przeniesiony do Torunia gdzie został zastępcą dowódcy 4 Pułku Lotniczego. W grudniu tego roku awansował na stopień podpułkownika ze starszeństwem z 15 sierpnia 1924 r. i 5. lokatą w korpusie oficerów aeronautycznych. 1 kwietnia 1925 r. został zastępcą dowódcy 3 Pułku Lotniczego w Poznaniu. 12 stycznia 1927 r. został przeniesiony do Oddziału Służby Lotnictwa w Poznaniu-Sołaczu na stanowisko dowódcy. 31 października tego roku powierzono mu pełnienie obowiązków dowódcy 11 Pułku Myśliwskiego w Lidzie. Dowodzony przez niego Pułk 14 lipca 1928 r. został przeformowany w 5 Pułk Lotniczy. 23 grudnia 1929 roku został przeniesiony na stanowisko dowódcy Batalionu Lotnictwa w Poznaniu.
18 czerwca 1930 r. został „zwolniony z zajmowanego stanowiska i pozostawiony bez przynależności służbowej z równoczesnym oddaniem do dyspozycji dowódcy Okręgu Korpusu Nr VII”. W roku 1930 z powodów zdrowotnych (przeżył dwie katastrofy lotnicze) został przeniesiony do rezerwy. Być może na ten stan zaważyły inne względy – Abakanowicz krytycznie odnosił się do niektórych decyzji władz lotnictwa wojskowego (m.in. stanu technicznego sprzętu lotniczego). Wiadomo też, że ówczesne władze wojskowe pomijały go w awansach. W roku 1934 pozostawał w ewidencji Powiatowej Komendy Uzupełnień Poznań Miasto. Posiadał przydział mobilizacyjny do Oficerskiej Kadry Okręgowej Nr VII i był przewidziany do dyspozycji dowódcy Okręgu Korpusu Nr VII.
Po wybuchu II wojny światowej 1 września 1939 r. dostał powołany do pułku lotniczego w Lidzie. Gdy dotarł na wyznaczone lotnisko, okazało się, że jest ono zniszczone przez lotnictwo niemieckie. W roku 1941 wstąpił do Związku Walki Zbrojnej w Krakowie. Po wyjeździe do Rabki, później do Sanoka, utracił kontakt z konspiracją. Od maja 1944 przebywał w Warszawie, gdzie wstąpił do Narodowych Sił Zbrojnych (części niescalonej z Armią Krajową). Od czerwca do sierpnia 1944 r. pełnił funkcję komendanta Okręgu VI NSZ obejmującego powiat warszawski. Podczas Powstania Warszawskiego pełnił funkcję szefa sztabu 2. Dywizji Piechoty NSZ, którą formowano od 14 sierpnia w Śródmieściu z żołnierzy NSZ, walczących w innych oddziałach oraz ochotników. Po przekształceniu jej zawiązków w Zgrupowanie „Sęp” objął funkcję szefa sztabu, pod ps. „Smuga”. Od 17 września 1944 r., przy dowództwie Powstania, organizował obronę przeciwlotniczą.
Po kapitulacji Powstania (2 października 1944) opuścił Warszawę wraz z ludnością cywilną i udał się do Częstochowy. 18 października 1944 r. został mianowany p.o. szefa sztabu NSZ pod ps. „Barski”; przewodniczący Sądu Oficerskiego i Komisji Weryfikacyjnej. W styczniu 1945 r. otrzymał awans do stopnia pułkownika NSZ. W sierpniu 1945 r., po zmianach organizacyjnych w NSZ, został Inspektorem Obszaru Południe NSZ pod ps. „Grządziel”. Po wyjeździe z kraju dowódcy NSZ, gen. Zygmunta Broniewskiego ps. „Bogucki”, należał do Rady Inspektorów, pełniącej rolę Dowództwa NSZ.
W październiku 1945 r. został aresztowany przez Urząd Bezpieczeństwa Państwowego, a następnie 18 grudnia, w procesie przed Wojskowym Sądem Rejonowym w Warszawie, na sesji w Areszcie Śledczym nr 1 przy ul Rakowieckiej 37 w Warszawie został skazany na karę śmierci. Na prośbę jego córki Donaty Eski (1927–2016) u Bolesława Bieruta, zamieniono mu wyrok śmierci na dożywocie. W roku 1947 na mocy amnestii karę zmniejszono do 15 lat więzienia. W tym czasie jego żona była więziona w Zakładzie Karnym dla kobiet w Fordonie.
Zmarł 1 czerwca 1948 r. w Zakładzie Karnym we Wronkach, po pobiciu pękiem kluczy przez strażnika więziennego.
W kwietniu 1991 r. prochy ppłk. Abakanowicza zostały ekshumowane z kwater więziennych cmentarza we Wronkach. Powtórny pogrzeb odbył się 31 lipca 1991 r. w asyście Kompanii Reprezentacyjnej Wojska Polskiego; prochy płk. Abakanowicza złożono na Cmentarzu Wojskowym na Powązkach w Warszawie (kwatera 18C-1-15).
Odznaczony Krzyżem Srebrnym Orderu Virtuti Militari (1921), Krzyżem Niepodległości, Krzyżem Narodowego Czynu Zbrojnego oraz pośmiertnie Krzyżem Komandorskim Orderu Odrodzenia Polski (25 lipca 1994).
„Monitor Polski” 1933, nr 258; W.K. Cygan, Żołnierze Niepodległości 1863-1938. Słownik biograficzny t. 1, Mińsk Mazowiecki – Warszawa – Kraków 2011; Ku czci poległych lotników. Księga pamiątkowa, pod red. M. Romeyko, Warszawa 1933; Wyszukiwarka miejsc spoczynku polskich lotników, hasło Abakanowicz Piotr, [w:] https://niebieskaeskadra.pl/m/?control=8&id=2661&title=piotr-abakanowicz [dostęp 13 VIII 2023]; https://www.1944.pl/powstancze-biogramy/piotr-abakanowicz,803.html [dostęp 13 VIII 2024]; https://www.nsz.com.pl/abakanowicz-piotr/; Zieliński Józef, Dowódcy pułków lotnictwa polskiego 1921–2000, Poznań 2001.