Urodził się 30 kwietnia 1862 r. w Czekanowie pow. Sokołów Podlaski.
Ukończył gimnazjum w Siedlcach (1881 r.), po czym podjął studia przyrodnicze na Uniwersytecie Warszawskim. W 1883 r. przeniósł się do Lwowa, a następnie do Berna w Szwajcarii, gdzie w 1997 r. otrzymał doktorat z filozofii.
Następnie przez dwa lata pracował jako asystent w Zakładzie Badania Środków Spożywczych Kantonu Berneńskiego, a w 1889 r. został asystentem-chemikiem w klinice klinice chorób wewnętrznych prof. Eichhorsta. Celem pogłębienia wiedzy w interesującym go zakresie podjął studia medyczne, które ukończył w 1895 r.
Równolegle pracował w laboratorium fizjologicznym Karola Ludwiga, w latach 1892-1894 w zakładzie fizjologii Bungego w Bazylei, a potem w zakładzie farmakologii von Schroedera w Heidelbergu. W 1897 r. powrócił do kraju.
Początkowo pracował jako nadinspektor w Zakładzie Badania Środków Spożywczych w Krakowie. Następnie (1899-1906) prof. higieny na Uniwersytecie Lwowskim, po czym do 1919 r. prof. chemii lekarskiej.
Od 1907 r. należał do Ligi Narodowej.
Podczas obrony Lwowa przeciwko Ukraińcom od 3 listopada 1918 r. wchodził w skład Komitetu Bezpieczeństwa i Dobra Publicznego (naczelnik wydz. zdrowia), pełniącego funkcję lokalnego rządu na terenach zajętych przez Polaków.
W 1919 r. przeniósł się do Warszawy, gdzie podjął pracę na Uniwersytecie Warszawskim. Był prof. chemii fizjologicznej (1919-1927). W 1920 r. należał do organizatorów Akademii Nauk Lekarskich w Warszawie. Był badaczem pośredniej przemiany białek i cholesterolu.
Od 1909 r. członek Polskiej Akademii Umiejętności, od 1918 r. członek korespondent, a od 1920 r. członek rzeczywisty, zaś od 1929 r. członek zwyczajny Tow. Naukowego Warszawskiego. W 1919 r. był członkiem Tow. dla Popierania Nauki Polskiej. Jeden z założycieli Polskiego Tow. Chemicznego.
Zmarł 9 lutego 1929 r. w Warszawie i został pochowany na tamtejszym Cmentarzu Parafialnym na Powązkach kw. 109.
Odznaczony orderem Polonia Restituta 3 kl., pośmiertnie otrzymał Medal Niepodległości.
Żonaty z Zofią z Lubomęskich, miał z nią synów Wacława i Stefana (zob.) oraz córki Janinę zamężną Schwarcenberg-Czerną i Annę.
J.M., Zmarli członkowie: Ś.p. Stanisław Bądzyński (1862-1929) [nekrolog], „Rocznik Towarzystwa Naukowego Warszawskiego” 22/1929; „Monitor Polski” nr 255/1933; Obrona Lwowa 1-22 listopada 1918 t. 3, Lwów 1939; Sprawozdanie Wydziału Towarzystwa dla Popierania Nauki Polskiej za rok 1919, Lwów 1920.